Команда NOVEL победила в международном чемпионате Open Problems in Single Cell Analysis

В международном конкурсе, приуроченном к конференции NeurIPS 2021 было представлено три задачи, связанных с мультимодальными  данными секвенирования единичных клеток (single cell RNA-seq). Для сравнения решений участников был собран набор данных, первый в своем роде.
Участники могли выбрать для решения любую из трех задач:
  • Предсказание одной модальности по другой. Например, по доступности хроматина, измеренной в десятках тысяч клеток, нужно было спрогнозировать “экспрессию” РНК соответствующих генов для каждой клетки.
  • Сопоставление данных разной модальности. Задача заключается в установлении парных соответствий между данными двух разных модальностей, измеренных у одних и тех же клеток.
  • Обучение представлений. Задача состоит в понижении размерности мультимодальных данных так, чтобы максимально сохранить информацию о биологических свойствах клеток, аннотированную экспертами.
 
Команда NOVEL взялась за решение первых двух задач. В задаче предсказания модальности были использованы полносвязные нейронные сети, для задачи сопоставления данных разной модальности были использованы идеи из модели CLIP, которая была разработана компанией OpenAI для сопоставления изображений с их описанием. Решение первой задачи, предложенное командой NOVEL, принесло победу в одной из номинаций (предсказание экспрессии РНК по экспрессии белков). В задаче сопоставления данных наша команда заняла второе место во всех номинациях.
 
Поздравляем нашу команду с победой! 
 
О конкурсе: В рамках 35й конференции NeurIPS 2021 (Conference on Neural Information Processing Systems) был объявлен международный конкурс для решения задач в области биоинформатики и прикладной геномики.
Организаторы и спонсоры конкурса: Cellarity , Chan Zuckerberg Initiative и Chan Zuckerberg BIOHUB, а также университет Yale и институт Гельмгольца (Мюнхен). В конкурсе приняли участие 276 команд из разных стран мира.
Результаты конкурса опубликованы на сайте конкурса и доложены на конференции